排気筒の壁貫通箇所は、どうすればいいですか？

メガネ石を設けると良いと思います。一般的なメガネ石の厚みは100mm。
メガネ石だけだと雨が入り込み、屋内に水分が浸み出してくることがありますので、そのメガネ石を挟むようにステンレス材等（メガネ板他）の化粧板を壁面に取付けます。化粧板を付けるか付けないかで、見た目にも大きな差が出ますので、化粧板の取付をお勧めします。
メガネ石とメガネ板間の隙間が気になるようでしたら、断熱材等で埋めておく方法もあります。